وكانت النيابة العامة اتهمت الخواجة أنها في 21 أبريل 2012 تعمدت الجلوس على شارع الملك فيصل بالقرب من المرفأ المالي الأمر الذي ترتب عليه تعطيل حركة المرور.
وتواجه الخواجة 13 تهمة في قضايا مختلفة، 8 منها في المحكمة، وخمس في النيابة العامة.
وحكم على الخواجة بالغرامة 200 دينار بتهمة إهانة الملك، كما حكم عليها بالحبس لمدة شهر واحد في قضية إهانة موظف عام وتجمهر عند باب البحرين، وتمت تبرئتها من قضية إهانة موظف عام في المستشفى العسكري.
وصدر حكم بحبس زينب الخواجة ثلاثة أشهر وكفالة 300 دينار مع وقف التنفيذ في قضية تجمهر في دوار عالي.
وأخلت السلطات الأمنية في الثالث من أكتوبر سبيل الخواجة، وذلك بعد اعتقالها في 2 أغسطس 2012 خلال مسيرة سلمية.